Naruto Shippuuden

Setelah hampir 3 tahun, Naruto kembali ke Konohagakure dengan penampilan yang baru. Dia bertemu dengan para penduduk Konoha yang sudah lama tidak ditemuinya. Kakashi menemui Naruto dan Sakura untuk menguji mereka, dan berakhir dengan kemenangan di tangan Naruto dan Sakura. Kakashi membentuk timnya kembali, dan diberi nama Tim Kakashi. Tak lama setelah dibentuk, mereka langsung mendapatkan misi, yaitu menyelamatkan Gaara dari tangan organisasi misterius bernama Akatsuki.

Penyelamatan Gaara

Tim Kakashi yang mendapat misi penyelamatan Gaara langsung berangkat menuju Sunagakure (desa Suna), desa yang tersembunyi di padang pasir. Mereka berangkat terburu-buru dan bertemu Temari yang langsung ikut bersama mereka. Setelah sampai di Sunagakure, mereka mendapati bahwa Kankuro terkena racun mematikan oleh Sasori, seorang anggota Akatsuki. Sakura berhasil menetralisir racun yang ada di dalam tubuh Kankuro. Lalu mereka mencari keberadaan Akatsuki sambil ditemani oleh nenek Chiyo. Di tengah perjalanan, mereka dihadang oleh Itachi Uchiha yang palsu. Setelah mereka berhasil mengatasinya, akhirnya Naruto berhasil sampai ke persembunyian Akatsuki dan menerobos masuk. Tubuh Gaara yang sudah mati dibawa kabur oleh Deidara, salah satu anggota Akatsuki.
Naruto dan Kakashi mengejar Deidara, sementara Chiyo dan Sakura menghadapi Sasori.Sasori berhasil dikalahkan oleh Nenak Chiyo dan Sakura. Dia mati dengan cara ditusuk jantungnya oleh pedang yang ditusukkan oleh ke-2 orang tuanya (boneka). Naruto dan Kakashi lalu mengejar Deidara yang menaiki burung tanah liat sambil membawa Gaara. Akhirnya Kakashi berhasil memojokkan Deidara dengan menggunakan Mangekyou Sharingan miliknya. Naruto dengan segera menghajar Deidara, tetapi dia berhasil lolos. Tim Guy yang dipimpin Maito Guy akhirnya bisa menyusul dan berhasil memojokkan Deidara untuk kedua kalinya. Deidara yang kehabisan akal lalu meledakkan dirinya, yang ternyata klon tanah liat. Sementara itu, dirinya yang asli melarikan diri. Gaara yang sudah tidak terselamatkan, dihidupkan kembali oleh nenek Chiyo, dengan nyawanya sendiri sebagai penggantinya. Dan setelah Gaara hidup kembali, semua ninja Sunagakure datang untuk menyusul Naruto, Kakashi, dan Sakura.

 

Pencarian Sasuke

Setelah pertempuran melelahkan melawan dua anggota Akatsuki, Naruto dkk. kembali ke desa Konoha. Kakashi yang tidak bisa bergerak akibat menggunakan Mangekyou Sharingan dirawat di rumah sakit dan digantikan sementara oleh juniornya, Yamato. Yamato, Naruto, dan Sakura menjadi tim baru, dan membutuhkan 1 orang lagi. Ternyata satu orang tersebut adalah Sai, yang pernah menyerang Naruto. Baik Naruto maupun Sakura tidak menyukainya karena mulutnya yang kasar dan sikap tidak berperasaannya. Tim Yamato lalu diberi misi untuk melakukan kontak dengan mata-mata Sasori di Jembatan Tenchikyou. Dalam perjalanan, Naruto dan Sai terus bertengkar, dan keadaan ini diperburuk dengan insiden pemukulan oleh Sakura. Yamato yang kesal karena tidak adanya kerjasama tim, mengurung mereka bertiga dengan jutsunya, agar mereka akrab satu sama lain. Akhirnya mereka sampai di jembatan
Tetapi penyamaran Yamato terbongkar dan terjadilah pertarungan antara Kabuto dan Orochimaru melawan tim Yamato. Naruto yang dilanda amarah melepaskan kekuatan kyuubi hingga ekor 4. Kekuatannya yang dahsyat membuat Orochimaru yang sudah sembuh kewalahan. Akhirnya Orochimaru mundur bersama Kabuto dan Sai yang berkhianat. Naruto yang masih mengamuk akhirnya berhasil ditenangkan oleh Yamato menggunakan kekuatan pohon miliknya. Naruto yang sudah sadar dinasihati oleh Yamato agar jangan terlalu bergantung pada kekuatan Kyuubi. Mereka lalu meneruskan perjalanan dan menemukan buku harian Sai yang agak aneh. Setelah mereka sampai ke persembunyian Orochimaru, mereka dihadang oleh Kabuto. Tanpa diduga, Sai membantu tim Yamato karena tergugah dengan "ikatan" antara Naruto dan Sasuke. Mereka lalu mencari Sasuke. Naruto bersama sai malah bertemu dengan Orochimaru, dan Naruto menyuruh Sai (yang misi utamanya adalah membunuh Sasuke) untuk mencari Sasuke. Setelah bertemu Sasuke, Sasuke malah menyerang Sai dan mengatakan pada Naruto bahwa diantara mereka sudah tidak ada "ikatan"Orochimaru lalu menyuruh Sasuke dan Kabuto untuk menyingkir sementara waktu.

Konfrontasi Akatsuki

Setelah Naruto kembali dari persembunyian Orochimaru, dia menemui Kakashi di rumah sakit. Dia lalu diberi tahu bahwa dia bisa menjadi ninja yang amat kuat dengan metode latihan yang diberikan Kakashi. Dilain pihak, dua orang Akatsuki bernama Hidan dan Kakuzu menyerang kuil api desa Konoha dan menghabisi hampir semua pendeta disana. Naruto yang tidak tahu-menahu hal tersebut meneruskan latihannya. Pertama-tama dia harus bisa memotong daun menggunakan cakra miliknya. Setelah berhasil, dia lalu diberi ujian memotong air terjun yang dibuat oleh Yamato.
Naruto lalu memasuki tahap akhir latihan, memasukkan cakra angin miliknya kedalam rasengan. Awalnya dia kesulitan memasukkannya. Dia lalu menggunakan kagebunshin untuk membantunya memasukkan cakra miliknya. Setelah berhasil, dia lalu berangkat membantu tim Kakashi, Shikamaru, Chouji dan Ino menghadapi Hidan dan Kakuzu. Pertama-tama Naruto kesulitan mengenai musuhnya dengan rasenshuriken, jurus barunya karena putarannya yang melemah sebelum sampai ke musuh. Setelah tubuh asli naruto ikut dalam jebakan,akhirnya dia berhasil mengenai Kakuzu dan membuatnya terkapar. Kakuzu akhirnya dihabisi oleh Kakashi. Kakashi mengatakan kalau Naruto benar-benar melampauinya dan penyebab tekadnya ialah keinginannya untuk menjadi lebih kuat dari Sasuke dan mengembalikannya ke Konoha. Setelah mengetahui tujuan Sasuke yang sebenarnya, Naruto bertekad untuk menemui Itachi, berharap bertemu kembali dengan Sasuke kembali. Naruto yang menjalankan misi mencari Sasuke dan mengembalikannya lagi, tanpa disangka, salah satu klon bayangan yang dilepaskan oleh Naruto berhasil menemukannya, tetapi segera dihancurkan oleh Chidori Sasuke. Naruto yang akhirnya menemukan teman lamanya, bergegas menuju kesana, tetapi dihadang oleh Tobi. Naruto segera menyerang Tobi dengan Rasengan, tetapi yang diserang sepertinya tidak terpengaruh sama sekali.Setelah itu Tobi diberitahu bahwa Itachi telah mati ketika bertarung dengan Sasuke. ternyata Tobi adalah dalang dari Akatsuki. setelah Deidara mati oleh Sasuke, Tobi memerintahkan Pain. Pain dengan keenam tubuhnya berhasil menghancurkan desa Konoha